Walaupun antara Soekarno dan Muso adalah sama, sama Marxis, tetapi haluan politiknya berbeda, yang satu Nasionalis yang lain Komunis. Keduanya bisa ketemu dalam beberapa hal, tetapi tidak sedikit perbedaan, bahkan perbedaan tersebut mengenai ideology negara, Muso menghendaki Komunis, sementara Soekarno mempertahankan bentuk negara nasional berdasarkan pancasila. Berikut ini penuturan A. Mustahal mengenai konflik dua ideology tersebut.

Di daerah itu ( Kalasan ) juga saya berkenalan dengan seorang pelukis S. Sudjoyono yang pada waktu itu masih beristrikan Zus Mia Bustam dan mempunyai dua anak Tejo Bayu dan Nasti. Dia selalu ingin diajak melakukan penghadangan konvoi Belanda atau serangan malam . Begitu juga ketika dilakukan percobaan untuk menghancurkan jembatan kereta api. Bilamana tidak ada beras untuk dimakan, keluarga itu sering makan sukun rebus, karena di daerah itu banyak pohon sukun yang karena perang tidak dapat di jual ke pasar-pasar kota.

Menurut penuturan S. Sudjojono setelah Sukarno kembali ke Yogya dari pengasingan Belanda di Bangka, pernah membarter lukisannya dengan pakaian Sukarno. Pada waktu itu Sudjoyono melontarkan pertanyaan kepada Sukarno kurang lebih sebagai berikut: Mas Karno, ben jij nog steeds een Marxist?  ( Mas Karno apa masih Marxist ? ). Sukarno menjawab : Naturlijk Jon Ik ben nog steeds een Marxist ! ( Pasti saya masih tetap Marxist ! ). Sudjoyono pun kembali bertanya : En waarom blijtbt je maar stil, terwijl jow vrienden die Marxisten waren doodgeschoten warden ?  ( Kalau masih mengaku Marxist, kenapa kau biarkan teman-teman Marxismu di tembak mati? ). Mendengar pertanyaan itu  Bung Karno tak menjawabnya. Terharu dan  lama berdiam dan meneteskan  air mata. Pertanyaan itu dilontarkan berkaitan dengan terjadinya peristiwa 1948 di Madiun. Menghadapi pemberontakan itu Bung karno dengan tegas mengatakan pada Rakyat mau ikut Soekarno (RI) atau mengikuti Muso (PKI), akhirnya mayoritas rakyat mengikuti Bung Karno kemudian pemberontakan PKI itu ditumpas oleh pemerintah  Perdana Menteri Hatta.

Menurut analisis beberapa kalangan sebenarnya ucapan Bung Karno itu hanya sebuah pilihan politik, yang tidak dimaksudkan untuk pemusnahan. Sudah menjadi watak Bung Karno, selalu bisa melakukan perundingan dengan pemberontak manapun, baik DI-TII, PRRI-PERMESTA dan lain sebagainya.